Para Azorín esta novela resume mejor que ninguna el espíritu de Baroja. Y efectivamente: sus principios filosóficos y sociales, la reacción frente a la miseria y el dolor, y los elementos autobiográficos hacen de esta obra una muestra privilegiada del mundo del autor.
Médico, como Baroja, el protagonista de El árbol de la ciencia asiste impotente a los desafueros de una sociedad mezquina y envilecida. Entre el determinismo fisiológico y la rebelión moral está la búsqueda de un camino propio.